CALCULATION
OF DESCRIPTOR WITH ANION SALTS:
QUANTITATIVE STRUCTURE-ACTIVITY RELATIONSHIP ANALYSIS OF ANTIMALARIAL 1,10-PHENANTHROLINE DERIVATIVES COMPOUNDS
Tujuan Penelitian
QUANTITATIVE STRUCTURE-ACTIVITY RELATIONSHIP ANALYSIS OF ANTIMALARIAL 1,10-PHENANTHROLINE DERIVATIVES COMPOUNDS
Tujuan Penelitian
Berusaha menemukan antimalaria baru untuk melawan parasit
yang resisten tersebut dengan melibatkan anion garamturunan 1,10-fenantrolin
dalam perhitungan deskriptor dengan cara mengikatkan secara kovalen dengan kationgaramnya.
Langkah Kerja
Langkah Kerja
1. Menghitung deskriptor
dengan metode semi empirik PM3
Setiap senyawa yang digunakan sebagai bahan penelitian dibuat struktur tiga dimensi dengan paket program HyperChem. Selanjutnya dilakukan optimasi struktur geometri untuk memperoleh konformasi struktur yang lebih stabil menggunakan metode semi empirik PM3. Optimasi struktur dilakukan menggunakan metode optimasi algoritma Polak-Ribiere atau metode gradiense kawan, dengan nilai RMS =0,001 kkal/(Å.mol). Setelah diperoleh struktur paling stabil dilakukan perhitungan single point untuk pencatatan data perhitungan yang dilihat dalam file rekaman (file log). Parameter yang digunakan adalah parameter elektronik berupa muatan bersih atom, momendipole, energi LUMO, energi HOMO, polarisabilitas dan log P. Struktur senyawa garam turunan 1,10-fenantrolin sebagai bahan penelitian dihitung dengan 2 caraya itu dengan melibatkankan ter ion garam dan tidak melibatkan kanter ion garam.
2. Analisis persamaan HKSA menggunakan metode regresi linear
Variabel tak bebas dalam penelitian ini adalahaktivitas anti malaria (IC50)hasil eksperimen,sedangkan variabel bebas yang digunakan adalah berupa: muatan bersih atom, momen dipole, energi LUMO,energi HOMO, polarisabilitas dan log P. Semua variable dianalisis menggunakan regresi multi linear metode backward untukmengetahui urutan variabel bebas mana yang berpengaruhter hadap aktivitas senyawa. Hasil yang diperoleh berupa persamaan HKSA beserta nilai parameter statistik seperti nilai r, r2dan F. Selain parameter statistik tersebut, dari hasil perhitungan juga diperoleh nilai tetapan dan nilai koefisien setiap variable bebas yang terlibat dalam persamaan yang dihasilkan.Nilai koefisien yang diperoleh digunakan untuk menghitung aktivitas anti malaria teoritis. Selanjutnya dilakukan perhitungan nilai PRESS untuk mengetahui kualitas dan kemampuan prediksi dari persamaan yang dihasilkan.
PRESS =∑_i^n▒(log〖IC50 ekperimen 〗–log〖IC50 prediksi〗 )^2
Deskriptor yang digunakan
Pada penelitian ini, descriptor-deskripto yang digunakan adalah sebagai berikut:
Muatan bersih atom
Momendipole
Energi LUMO
Energi HOMO
Polarisabilitas
log P
Persamaan Aktivitas Hasil Perhitungan
Persamaan aktivitas anti malaria dari senyawa turunan 1,10-fenantrolin yang telah didesain adalah sebagai berikut :
ln 1/IC50= 15,29 – (12,399)qC2 + (106,149)qC5 + (71,572)qC6 + (82,445)qC7 – (4,801)qC8+ (73,828)qN10 – (34,446)qC12 – (6,020)E.LUMO– (0,033)polarisabilitas – (0,283)logP
dengan harga:
n=16; r = 0,998; r2= 0,996; Fhit/Ftab= 44,69; SE=0,146;danPRESS = 0,095.
Setiap senyawa yang digunakan sebagai bahan penelitian dibuat struktur tiga dimensi dengan paket program HyperChem. Selanjutnya dilakukan optimasi struktur geometri untuk memperoleh konformasi struktur yang lebih stabil menggunakan metode semi empirik PM3. Optimasi struktur dilakukan menggunakan metode optimasi algoritma Polak-Ribiere atau metode gradiense kawan, dengan nilai RMS =0,001 kkal/(Å.mol). Setelah diperoleh struktur paling stabil dilakukan perhitungan single point untuk pencatatan data perhitungan yang dilihat dalam file rekaman (file log). Parameter yang digunakan adalah parameter elektronik berupa muatan bersih atom, momendipole, energi LUMO, energi HOMO, polarisabilitas dan log P. Struktur senyawa garam turunan 1,10-fenantrolin sebagai bahan penelitian dihitung dengan 2 caraya itu dengan melibatkankan ter ion garam dan tidak melibatkan kanter ion garam.
2. Analisis persamaan HKSA menggunakan metode regresi linear
Variabel tak bebas dalam penelitian ini adalahaktivitas anti malaria (IC50)hasil eksperimen,sedangkan variabel bebas yang digunakan adalah berupa: muatan bersih atom, momen dipole, energi LUMO,energi HOMO, polarisabilitas dan log P. Semua variable dianalisis menggunakan regresi multi linear metode backward untukmengetahui urutan variabel bebas mana yang berpengaruhter hadap aktivitas senyawa. Hasil yang diperoleh berupa persamaan HKSA beserta nilai parameter statistik seperti nilai r, r2dan F. Selain parameter statistik tersebut, dari hasil perhitungan juga diperoleh nilai tetapan dan nilai koefisien setiap variable bebas yang terlibat dalam persamaan yang dihasilkan.Nilai koefisien yang diperoleh digunakan untuk menghitung aktivitas anti malaria teoritis. Selanjutnya dilakukan perhitungan nilai PRESS untuk mengetahui kualitas dan kemampuan prediksi dari persamaan yang dihasilkan.
PRESS =∑_i^n▒(log〖IC50 ekperimen 〗–log〖IC50 prediksi〗 )^2
Deskriptor yang digunakan
Pada penelitian ini, descriptor-deskripto yang digunakan adalah sebagai berikut:
Muatan bersih atom
Momendipole
Energi LUMO
Energi HOMO
Polarisabilitas
log P
Persamaan Aktivitas Hasil Perhitungan
Persamaan aktivitas anti malaria dari senyawa turunan 1,10-fenantrolin yang telah didesain adalah sebagai berikut :
ln 1/IC50= 15,29 – (12,399)qC2 + (106,149)qC5 + (71,572)qC6 + (82,445)qC7 – (4,801)qC8+ (73,828)qN10 – (34,446)qC12 – (6,020)E.LUMO– (0,033)polarisabilitas – (0,283)logP
dengan harga:
n=16; r = 0,998; r2= 0,996; Fhit/Ftab= 44,69; SE=0,146;danPRESS = 0,095.
SUMBER
0 komentar:
Posting Komentar